Setelah lolos dari maze dan ujian Scorch, Thomas dan Minho benar-benar marah pada para Creator. Mereka bertekad tidak akan mau lagi menjadi tikus percobaan WICKED. Ketika para Glader akan dikembalikan ingatannya, Thomas dan Minho pun tidak percaya begitu saja. Namun para Creator tetaplah yang memegang permainan ini. Thomas dan teman-temannya pun mencoba kabur dari WICKED. Kabur yang benar-benar kabur.

Namun dunia luar benar-benar sudah hancur. Crank ada di mana-mana. Orang-orang yang kebal terhadap Flare berhilangan. Hingga saat Thomas harus memilih untuk memilih untuk mati atau membunuh sahabatnya, dan saat semua percobaan itu selesai… Thomas harus menyerahkan otaknya pada WICKED, dengan kata lain Thomas harus mati!