Kisah The Maze Runner berawal ketika seorang remaja bernama Thomas yang terbangun di dalam sebuah lift yang menuju tempat yang sama sekali tak dikenalnya. Bukan hanya tempat dan orang-orangnya saja, bahkan dia tidak bisa mengingat apapun, termasuk siapa dirinya. Satu-satunya ingatan yang tersisa adalah siapa namanya. Thomas tiba di suatu tempat yang disebut Glade, yang dihuni para remaja, yang menyebut diri mereka dengan julukan Glader. Sama halnya dengan Thomas, puluhan Glader yang lebih dulu berada di sana pun tidak mengingat kehidupan mereka sebelumnya.

Glade adalah sebuah tempat yang dikelilingi maze (labirin) yang selalu berubah setiap malam. Bukan hanya itu saja yang menyulitkan para Glader mencari jalan keluar. Setiap malam, di dalam maze berkeliaran monster-monster yang siap mencabik siapa saja yang terlambat memasuki Glade…..